Los orígenes del Instituto Nacional se remontan al año 1907, cuando Melchor Lasso de la Vega, entonces Secretario de Instrucción Pública presentó un proyecto de ley en donde establece la organización de la enseñanza secundaria en la República de Panamá.
El Nido de Aguilas abre sus puertas el 25 de abril de 1909, a través del Decreto Ejecutivo #17 de 1909. Fue inaugurado con la presencia del Presidente de la República, José Domingo de Obaldía. Su sede original fue el edificio que actualmente es la Escuela Manuel José Hurtado, ubicado en calle 14 Santa Ana. La Matrícula inicial fue de 298 estudiantes, cifra demasiada alta para la cantidad de alumnos que podía albergar aquella sede, lo que dejó ver la necesidad urgente de contar con un nuevo plantel que contara con muchas más facilidades de alojamiento.
El presidente de Obaldía reitero su esfuerzo y apoyo incondicional a los proyectos de construcción de este nuevo edificio. Se empezó por la adquisión de un terreno localizado en las cercanías del Cerro Ancón, cuya longitud abarcaba una hectárea. El dueño del terreno era el General Domingo Díaz, quien lo vendió a $3el metro cuadrado.
La edificación de la obra estuvo a cargo del Ingeniero Florencio Harmodio Arosemena y del Arquitecto Genaro Ruggieri, oriundo de Italia. A modo de interés, Ruggieri trazó los planos del Palacio Municipal, el Teatro Nacional y el Palacio Nacional. Se utilizó acero, concreto con mosaico, piedra y mármoles importados de Europa. La construcción demoró casi dos años y fue el 17 de julio de 1911 que la nueva sede se inauguró a manos del Presidente Pablo Arosemena (José Domingo de Obaldía había fallecido de un ataque al corazón el 1 de marzo de 1910). La matrícula fue de 1000 alumnos externos y 200 internos.
17 DE JULIO DE 1911.